El distrito de Elías Soplín Vargas, con su capital Segunda Jerusalén, fue creado por Ley N° 24040 del 26 de diciembre de 1984. No obstante, su fundación inicia el 28 de julio de 1971, en el distrito de Aucayacu, provincia de Leoncio Prado, región Huánuco, cuando un grupo de 7 varones cristianos evangélicos, se prepararon para cumplir con la misión de fundar Segunda Jerusalén.

Desde entonces, los líderes de la Iglesia Pentecostés Misionera Segunda Jerusalén – IPM-, han sido los gestores de las instituciones que hoy existen, tales como: seguridad, salud, educación, entre otras. El Consejo Nacional de la IPM, desde siempre, visionó a la educación como el proceso transformador de las sociedades, identificando la necesidad real de la existencia de un centro que eduque a la persona, tanto para esta vida, como también para la eternidad.

En ese contexto, el 04 de agosto del año 2008, por solicitud de la IPM Segunda Jerusalén, representada por el Pastor Misionero Regner Pisco Salazar, se gestionó ante los órganos rectores educativos, la apertura y funcionamiento de una institución educativa, que entró en funcionamiento el año 2009, con el nivel primario y en el año 2010 con los niveles educativos de inicial y secundario.

Consecuentemente a ello, surge la necesidad de abrir oportunidades a nuestros egresados, para que tengan la posibilidad de continuar sus estudios en educación superior; inquietud latente desde tiempos atrás en las mentes de nuestras autoridades. Pero el deseo de hacer realidad este sueño no se hizo esperar hasta el mes de marzo del año 2015, en la que se conformó la comisión que se encargaría de la creación de un Centro Superior de Estudios, encabezados por el Dr. Indalecio Silva Lobato, de manera que en el mes de julio se presentó el expediente ante la DRE y luego al MINEDU, como resultado de ello, el 06 de octubre del 2015, mediante Oficio N° 1143-2015-MINEDU/VMGP-DIGESUTPA, la Dirección General de Educación Técnica Productiva y Superior Tecnológica y Artística, comunica al representante legal Pastor Misionero Regner Pisco Salazar, que el IEST “San Lucas” ha obtenido la autorización de funcionamiento desde el 07 de septiembre del año 2015, para desarrollar las carreras profesionales de Construcción civil y Farmacia.

En el año 2016, inicio su primer proceso de admisión, logrando ingresar en su periodo lectivo 2016 I, 120 estudiantes, de las cuales 80 lo hicieron a Farmacia y 40 a Construcción Civil.

En el año 2018, asume el cargo de director general el Mg.Sc José Elider Tarrillo Carrasco dando inicio el proceso de licenciamiento institucional ante el Ministerio de Educación, presentado el expediente el 27 de junio. La respuesta del MINEDU a este proceso se dio el 09 de noviembre, a través de la emisión de la Resolución Ministerial N° 607-2018-MINEDU, en la que otorgan el licenciamiento al Instituto de Educación Superior Privado San Lucas con sus programas de estudios de Construcción civil y Farmacia técnica, convirtiéndose así en el primer instituto de la región San Martín, licenciado por el MINEDU.

En el año 2019, inició el proceso de licenciamiento institucional ante el Ministerio de Educación, presentado el expediente el 01 de marzo. La respuesta del MINEDU a este proceso se dio el 26 de julio, a través de la emisión de la Resolución Ministerial N° 379-2019-MINEDU, en la que otorgan el licenciamiento de tres nuevos programas de estudio, “Enfermería técnica, Administración de empresas y Contabilidad”, actualmente cuenta con 05 programas de estudios licenciados por el MINEDU.

Los años 2020 y 2021 fueron llenos de retos debido a la emergencia sanitaria por COVID 19; sin embargo, no melló nuestra calidad educativa y se continuó brindando el servicio educativo a través de la implementación de la plataforma virtual San Lucas digital, posicionándonos como el segundo Instituto con mayor población estudiantil a nivel regional.

El año 2022 debido a la flexibilidad normativa por COVID 19 se retorna a la prespecialidad logrando un proceso de admisión con gran demanda en sus programas ofertados.

El 18 de marzo del 2022, renuncia a la dirección general el Mg.Sc José Elider Tarrillo Carrasco quedando como director encargado el  Dr. en Educación Walter Felipe Mego Penachi, mismo que fue reemplazado por el Mg. Richard Santillán Alva el 18 de julio del mismo año.